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A história de Shingeki no Kyojin gira em torno das aventuras de Eren Yeager, sua irmã adotiva, Mikasa Ackerman, e seu amigo de infância, Armin Arlert. Após a muralha que protege sua cidade natal de Shinganshina é violada por titãs, Eren assiste com horror como um deles devora a sua mãe. Prometendo matar todos os titãs, Eren se alista no exército, junto com seus amigos.

Cinco anos mais tarde, os três graduados cadetes foram enviados no distrito de Trost, uma das cidades da fronteira que se localiza na Muralha Rose, quando os titãs atacaram novamente. Na batalha que se seguiu, Eren é comido por um dos titãs diante dos olhos de Armin. Um titã depois aparece e começa a lutar os outros titãs, ignorando os seres humanos; esse titã é revelado que é Eren, que desenvolveu a capacidade de se transformar em um. Embora ele é visto como uma ameaça por alguns, ele ajuda os militares a retomar o distrito de Trost. Depois de ser colocado em julgamento por ser um perigo para os seres humanos, ele é levado pela Tropa de Exploração com a supervisão da tropa de operações especiais, liderada pela cabo Levi.

Em uma expedição para Shinganshina, os soldados são atacados por um titã fêmea que tenta capturar Eren. Embora os soldados são capazes de capturar rapidamente o titã fêmea, ela se liberta e mata todas da equipe do Levi, forçando o fim da expedição. Armin descobre que o titã fêmea é a Annie, um dos cadetes que ensinaram Eren a lutar, e ele elabora um plano para capturá-la no distrito Stohess. Durante esta operação, os danos colaterais revela que os titãs residem nas paredes das muralhas.

Alguns amigos de Eren também são revelados serem capazes de se transformar em titãs e tinham sido enviado como espiões por um grupo desconhecido para encontrar um algo chamado de "as coordenadas", que é mais tarde revelado que as coordenadas é o poder de controlar os outros titãs, e que Eren detém esse poder. A família real e a Polícia Militar capturam Eren e sua amiga Krista Lenz, que é, na verdade Historia Reiss, a sucessora do rei real, Rod Reiss, que é apenas uma figura decorativa controlado pelo governo.

A Tropa de Exploração, indo contra o atual governo, arma uma rebelião bem sucedida para derrubar a monarquia, que culminou com a morte de Rod pelas mãos de sua própria filha, e que se torna a nova rainha. É então revelado que a família Reiss foi responsável pela criação das muralhas há 100 anos atrás usando o poder das "Coordenadas", que foi roubada por Grisha, pai de Eren, e que, em seguida, transferiu-o para o corpo de seu filho para transformá-lo em um titã antes de permitir que seu filho o devorasse. Eren também obtém um novo poder que lhe permite endurecer partes de seu corpo de titã, e que irá utilizar esse poder para selar o buraco feita pelos titã em Shinganshina e recuperar a muralha Maria.